芝加哥大學。
低溫電鏡中心,晚上十點半。
程新竹煩躁地抓了抓頭髮,將一張廢掉的銅網丟進垃圾桶。
她已經在這裏耗了整整一週。
格林伯格教授的評價像一根刺,紮在她心裏。
爲了解決“構象異質性”的問題,她迴歸了最傳統、最笨的辦法??優化樣品製備。
她嘗試了不同的緩衝液配方,調整了冷凍時的降溫速率,甚至換用了更昂貴的,表面經過特殊處理的碳支持膜。
結果毫無改善。
她得到的,依舊是一羣面目模糊的“幽靈”。
程新竹靠在冰冷的實驗臺上,感覺一陣無力。
她知道自己鑽進了牛角尖,卻找不到出口。
MSN的窗口裏,林允寧的頭像閃動了一下。
【Lin】:你之前說,你們的Cryo-EM數據,是“連續曝光”的?
程新竹嘟了嘟嘴,覺得有點煩躁。
這人,問這廢話幹嘛啦?
但她還是禮貌地回了消息。
【竹子不是豬】:當然是連續曝光啊,不然怎麼追蹤動態過程?哎呀,我們都是把幾萬張圖疊加取平均,來提高信噪比的。你問這個幹嘛?
接下來,是良久的沉默。
十分鐘後,那邊才發來一條消息。
【Lin】:我想,我們都錯了。
看着莫名其妙的留言,程新竹索性拿起手機,撥通了林允寧的號碼。
“喂?看到我的消息了麼?”
電話那頭,林允寧的聲音很清醒,不像剛睡醒的樣子。
“我失敗了。”
程新竹自顧自地搶先抱怨,聲音有些沮喪,“樣品優化沒用,構象異質性是這個體系固有的性質,繞不開。”
“我知道。”
“你知道?”
程新竹愣了一下,“那你這幾天在幹嘛?找到解決辦法了?”
電話那頭沉默了幾秒,然後傳來林允寧平靜的聲音。
“你現在有空嗎?開車來一趟I-House,我們當面聊。”
一刻鐘後,國際學生公寓 (I-House)一樓大廳。
這裏像個小型聯合國,幾個印度學生圍着一張桌子打牌,角落裏兩個韓國女生在用筆記本看韓劇。
空氣中飄着一股咖啡和黃油麪包的混合味道。
林允寧正站在一張破舊的檯球桌旁,手裏拿着一根磨損嚴重的球杆,面前擺着一個標準的開球三角。
程新竹風風火火地衝了進來,看到這場景有點懵。
“你叫我來,該不是陪你打檯球吧?”
“你看。”
林允寧沒回答,他俯下身,一杆大力開球。
“砰”的一聲悶響,白球撞入球堆,綵球四散開來,滾向桌面各處,最終停在不同的位置。
“這就是我們之前在做的事,”
林允寧直起身,用球杆指了指桌面上混亂的綵球,“我們想通過觀察這些球最終停在哪,來反推出開球時,白球的速度和角度。這是‘觀相’。”
他走到桌邊,把所有綵球重新擺回三角形。
“但我們忽略了一點,”
他再次俯身,這一次,他用了一個完全不同的角度和力道,輕輕一推。
白球慢悠悠地滾過去,踏開球堆,綵球們互相碰撞,走出了完全不同的軌跡,最終停在了另一組位置上。
“同樣的開球狀態,只要中間的‘路徑’稍微有點不同,終點就天差地別。”
林允寧放下球杆,看着程新竹。
“構象異質性’不是需要被消除的噪聲,它本身就是蛋白質錯誤摺疊‘路徑”的痕跡!我們一直想看清終點,卻忘了去記錄過程。”
程新竹的眼睛亮了。她快步走到檯球桌旁,拿起一顆紅球。
“我懂了......所以,我們不應該把幾萬張圖疊加平均,那會抹掉所有的路徑信息。我們應該把它們......串起來?”
“對。”
“但這怎麼做?"
程新竹的眉頭又皺了起來,“每一張圖都是一個獨立的快照,我們怎麼知道哪一張在前,哪一張在後?它們之間沒有時間順序啊!”
“所以我們要放棄‘重建”的思路,”
林允寧領着她,走到旁邊一臺老舊的桌面足球機前,“我們要‘計算”。’
他撥動了一下紅方的小人,塑料小球在小小的綠茵場上滾動。
“我們不需要知道每一幀畫面的順序。我們有物理規律。我們可以建立一個能量模型,把所有可能的蛋白質構象,都看作是能量平面上的一個個山谷”。蛋白質的摺疊過程,就是小球在這個能量平面上滾動的過程。
“我們要做的,不是去拼湊小球最終掉進了哪個山谷,而是用物理學家的武器,去計算出它最可能走的那條'下山路徑”。從健康的‘山頂',到病變的‘谷底,能量最低,最省力的那條路。”
林允寧的聲音不大,但每一個字都像錘子,敲在程新竹的心上。
“這......這是計算生物學的範疇了。”
程新竹喃喃自語,“這需要巨大的計算量,而且......我們怎麼知道那個能量模型是對的?”
“這個我來想辦法,”
林允寧笑了笑,“我們可以把你的幾萬張終點圖像,作爲'約束條件,來反推那個能量地形圖。這叫‘逆問題’。’
兩人就細節問題一路聊着,在大廳中漫無目的地並肩而行。
時而打兩手檯球,時而撥弄兩下桌面足球,最後雙雙坐到大廳角落一張半舊的沙發上。
程新竹從一開始的震驚,到興奮,再到冷靜思考,她腦子裏飛快地閃過各種生物學上的細節。
“我明白了......這套思路如果能成,我們得到的將不只是一個靜態的結構,而是一部蛋白質錯誤摺疊的‘電影'!”
她越說越興奮,忽然又想起了什麼,好奇地看着林允寧,“你爲什麼對阿爾茨海默症這麼上心?這好像不是你的專業領域。”
林允寧沉默了一下,看着遠處窗外的夜色。
“我一個很重要朋友的母親,得了這個病。情況......不太好。”
他輕聲說,“我想找到一個辦法,就算治不好,至少能讓她穩定下來。”
程新竹臉上的興奮慢慢褪去,取而代之的是一種複雜的、帶着點悲傷的理解。
“我阿?也是。”
她把頭靠在沙發背上,聲音也低了下去,“她最後幾年,誰都不認識了,連喫飯上廁所都要人幫忙。有時候半夜會突然大哭,像個小孩子一樣。她以前是我們村裏最愛乾淨、最體面的老師。”
她說得很平靜,但林允寧能聽出那平靜下的痛。
“所以我才選了這個方向。”
程新竹轉過頭,看着林允寧,眼神前所未有的堅定,“我不想再看到任何人,那樣沒有尊嚴地離開。”
科學的盡頭,不是玄學,更不是宗教,而是人文關懷。
科學家們所做的一切,也永遠不是爲了取悅“造物主”,而是爲了人類的福祉和滿足人類與生俱來的好奇心。
兩人之間,一種無言的默契悄然建立。
他們不再只是合作者,而是擁有共同目標的戰友。
“好了!”
程新竹深吸一口氣,從沙發上彈了起來,臉上重新恢復了活力,“方向定了,明天我就去準備。爲了慶祝咱們找到新大陸,本天才決定……………”
她環視了一圈大廳,目光落在了角落裏那架落了些灰塵的立式鋼琴上。
“......爲你演奏一曲!”
她跑到鋼琴前,掀開琴蓋,試了幾個音,然後坐直身體,手指輕盈地落在琴鍵上。
一陣清澈、空靈的旋律,在大廳裏緩緩流淌開來。
是《千與千尋》的主題曲,《永遠同在》。
那旋律乾淨、溫柔,帶着一絲淡淡的憂傷,卻又充滿了對未來的希望。
林允寧靠在沙發上,緊繃了幾天的神經,終於在琴聲中一點點鬆弛下來。
他看着那個在燈下彈琴的嬌小身影,看着她隨着音樂輕輕晃動的麻花辮,感覺心裏某個地方變得很軟。
芝加哥的風依舊很冷,但這間小小的公寓大廳,卻因爲琴聲和共同的目標,變得異常溫暖。
連日奮戰,身心俱疲的林允寧,聽着那動聽的旋律,眼皮越來越重。
不知不覺間,他沉沉睡去。